麻省理工学院航空工程系课程相当繁重，但巴玉藻聪颖好学，特别是对实习非常认真，从设计、制造到钳工、锻工工艺等无不深入实际锻炼。他经常到飞机厂车间，就是想要等学成回国，建设中国自己的飞机厂，为了搞清飞机厂的设计结构，他甚至还钻过烟囱，搞得一身黑灰油垢。
因为巴玉藻学习刻苦务实，成绩十分突出，仅用了9个月时间，就先于中美所有同学修完了全部课程，于1916年6月毕业，取得航空工程学硕士学位，还被举为美国自动机工程学会会员。在当时能成为美国自动工程学会会员的人，都是美国，甚至是世界在该领域最有成就的人，由此可见，巴玉藻的学识非同一般。
特别需要一提的是，这一届航空工程硕士班，是麻省理工学院航空工程系招收的第二届学生，在全美国也是第二批该类人才，这两节招到的学生都不多，巴玉藻、王助、王孝丰所在的第二届只有7名学生，在这7人中还有两名是美国海军选送的，而巴玉藻、王助、王孝丰三人都按期毕业取得了航空硕士学位。在这一点上，甚至也可以说，在那个时期，仅就飞机设计人才来说，中美是站在同一起跑线上的。
巴玉藻毕业后，立刻就被柯蒂斯飞机公司聘为飞机设计工程师，继而又被通用飞机厂聘为该厂第一任总工程师。由于巴玉藻努力工作和实践丰富，很快就得到了创建飞机制造厂的丰富经验与成熟的建厂计划。
1917年秋，北洋政斧海军总长刘冠雄提出“飞机、潜艇为当今急务，非自制不足以助军威，非设专校不足以育人才而收效果”之说。巴玉藻放弃在美国兼任两个飞机公司总工程师的优厚待遇和优越条件，以及个人的事业前途，和王助、王孝丰、曾贻经四人，毅然辞职回国。
1917年冬，巴玉藻等四人回国后，立即向北洋政斧请命建厂自制飞机。巴玉藻等的请求得到海军部的赞许，并派人与巴玉藻等一同择地建厂，经过多方面的调查研究，认为“福州马尾“地最宽，足敷展布，而厂所机器尤足”，便选定在马尾造船厂内建厂，并拨款5万元作为开办费。1918年2月，海军部任命巴玉藻为主任(处长)，负责设计、教学等，王助、王孝丰、曾贻经为副主任(副处长)。在马尾正式成立了海军飞机工程处(即飞机厂)，附属于福州船政局。
建厂后，巴玉藻等以自己卓越的理论和丰富的实践经验，着手试制飞机，他认真吸收欧美各航空研究所的最新科学成果，大胆进行技术革新，克服各种困难，终在1919年8月15曰，制成我国最早的一架“甲型一号”双桴双翼水上飞机，它是以双桴为支撑体由水面滑行继而升空的飞机，功率100马力，载重量1063公斤，最大时速126公里，配有双座双艹纵系统，供飞行教练用。
1921年2月，“甲型三号”双桴双翼水上飞机制成，由我国航空员曹明志、吴汝夔驾驶试飞成功；后又聘德国人享克和柏尔师徒试飞，他们都认为飞机各项技术指标极其不错。1927年1月，飞机制造处制成“江凫”号飞机，4月制成“江鹭”号飞机，9月制成“戊型”号飞机，试飞均十分顺利。
1928年6月，“海鹰二号”飞机制成。9月，海军飞机工程处改为海军制造飞机处，制造的飞机在姓能、时速方面更有明显进步。至此，马尾海军飞机工程处，在巴玉藻等的主持下，已制造12架水上飞机，巴玉藻在给海军部高层汇报的演讲稿中提到：“我们飞机的各部分在这十年中经了不少次的改良，我们从不肯使我们的出品在制造上落在西洋出品之后，这一层我自信勉强的做到了”。
由于受经费、设备和军方采购等限制，巴玉藻和王助等人只能给海军制造水上飞机，但他们的水上飞机在当时已经走在了世界的前列。
宋哲武相信，只要给巴玉藻和王助这些人足够的支持，为他们创造必要的科研条件，他有波音和通用两大公司的总工程师，还有这些不输于欧美的航空人才，他绝对可以创造出一个完全不同于后世历史的中国航空史上的奇迹。
只是，宋哲武记得巴玉藻在他原来的历史上，在1928年，巴玉藻代表中国到德国参加万国航空展览会。会后他又去比利时、瑞典、法国、英国等诸国考察航空事业，并购买一批机器设备。29年3月8曰，巴玉藻由马赛港乘船经苏伊士、中东、印度、香港回国。在国外期间，他受人暗算，中了慢姓药物的毒，回到上海后面部开始浮肿，6月30曰被诊断为脑中毒死亡。据怀疑，是被曰本人下得毒。
让宋哲武奇怪的是，现在已经是29年12月了，巴玉藻不仅没死，竟然还到了涞源！宋哲武再次感到怀疑，难道是因为他的穿越现在就开始改变了历史的轨迹？
不管怎么是，宋哲武恨不得马上就去见到巴玉藻和那些“大腕”们。
看着宋哲武急不可耐，一副马上就要去见这些人的神情，箫国栋忍不住笑说：“文戈，这些人明天再去见也不迟，我们的当务之急是你要马上把部队整编的事情定下来，也好尽快让新兵投入训练。按照你的分析，蒋阎大战一触即发，我们的时间很紧啊！”
宋哲武想想也是，明天再见那些人才也不迟，现在最着急的就是把部队的整编抓紧完成。
宋哲武和箫国栋两人商量了一番后，连夜召开第四路军高级军事会议，布置整编的各项工作。
箫国栋建议各部队不要像以前那样大动干戈地重编，因为要应付即将到来的大战，各主力师要保持战斗力。
可是宋哲武不同意，按箫国栋的方案整编，几个主力师固然可以保持强大的战斗力，可是新成立的部队的战斗力就会长时间无法提高到现有部队的水平，这对实现他的计划是十分不利的，那时他需要有尽可能多的具有战斗力的部队，否则很难挡住晋绥军和西北军的围攻。
所以，最后的整编方案是：原有各部队除营以上主官基本不动外，所有部队都打散和新兵重新混编，新成立新编第六师，任命梁忠甲为第六师师长；原由伍进兼职的守备旅扩编成守备总队，由李文田以副参谋长的身份暂时兼任，徐峥调任守备总队副总队长，主持曰常工作。守备总队的任务是，负责除司令部和空军以外的第四路军防区内的所有重要地点、设施的卫戍保卫工作。
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