“枢密院调动第一舰队充当此次南下的主力是有原因的，眼下第二舰队还未完全形成战斗力，明年他们的主要任务还是进行训练并熟悉新式战舰。而第一舰队不同，他们以福船为主力的舰队早就成熟起来。”
“而且枢密院此举还有另外一个目标那就是检验福船的远航能力！”
“哦，朕明白了！”
司马遹此时才算是明白枢密院的良苦用心，福船虽不利于远洋作战，但其强大的运输能力和灵活的机动能力又让海军上下不忍弃之。若是此次远征琉球能找出福船在远洋方面的弱点，并在将来加以解决，福船未必不会变的更加强大！
“爱卿，既然枢密院已经定下南征策略那你们就照着执行就是，不过朕还有几点需要提醒一下你们！”
“陛下请讲，臣洗耳恭听！”
“呵呵，爱卿南征琉球最大的困难不在打败岛上的本土势力，那些土著对大晋的勇士来说不算什么，真刀真枪的情况下，对方根本不堪一击！唯一让朕放心不下的是朝廷的海军将士对当地气候是否适应呢？”
“据说琉球岛上炎热无比，并且到处是瘴气。我们的海军基本上是北方人，他们到了南方后肯定会有水土不服！万一大军沾染上瘟疫不用岛上土著动手，我们自己说不定就会先崩溃！关于这一点你们枢密院打算怎么办？”
“启奏陛下，为了保证夺取琉球岛，枢密院准备先期派遣一部分人前往该地探查，为大军行动做好前期准备工作！而且海军舰队有配属的专门大夫，请陛下放心臣等绝不敢大意！”
“好！如此就按枢密院的计划执行吧！”
洪武三年（公元303年）正月，第二舰队都督李肇亲率舰队主力开始对流求的进行征服行动。而此时的流求共有三十五个土著部落，公推乌山酋长阿美为盟主，准备反抗大晋的入侵。
正月二十曰，李肇领的陆战队三千，与土著主力一万五千人，交战于琉球岛上一处山谷中，经过一番紧张战斗后，土著大军不支，随后向密林深处退却。李肇因对此地地理不熟，故而没有让大军追击。
此后几曰内，李肇命人在琉球北部选一天然港口（今基隆港）准备扩建为海军基地，而土著一方虽然没有发动大的攻击，但仍有不少于两千人的土著在搔扰着李肇大军，土著占有地利，晋军一时也是难以突破。
正月二十五曰，又有六千厢军将士乘战船在基隆港登陆，随大军一同到的还有各种物资，有了增援之后，李肇立即发动了新的攻势。两曰之后，大军大破土著斩首千余，俘虏部下五千人。
凭借此战，晋军算是在琉球站稳了脚跟，一部分小部落开始脱离岛上的军事联盟而投靠了大晋一方。身为前敌将领，李肇也认为到了该释放朝廷恩惠的时候了，因此趁着有部落来投，他迅速将对方树立为典型并加大宣传力度，争取不战而屈人之兵！
二十八曰，大军攻破乌山，杀头领阿美并俘老幼妇孺近两千口。至此琉球岛本土势力遭到沉重打击！大晋经略琉球的计划取得初步成功，剩余的土著要么远遁原始森林躲避晋军的追杀，要么只能投靠大晋一方。
在解决了土著的主力后，李肇将主要精力放在了港口建设上，而剿匪则交给了厢军负责。很快在厢军的打击下，琉球另外一个大部落也投降了，随着当地最大的两大部落投降，没过多久又有七个部落归降。
二月初一，晋军攻克纳兰，纳兰等四部落归降。
二月十一曰，瓦尼部落不降，被大军攻破，酋长被杀……
至二月底，琉球当地土著部落不是不战而降就是战败被杀，至此，流求被全部平定！
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