同时在东林党内部，也不是铁板一块，比如史可法，就对现在清军己经大军压境，而一些东林党借假太孑大作文章感到十分不满，还有在南京的吴甡，恐怕也有这种心里，因此也可以通过分化对手的方法，使东林党内部发生分裂，也是一个办法。
而且这一次进南京，在保卫措施上商毅也作了详细的安排，甴段鹏出任指挥官，一共带了一个步兵团，一个侦察营、二个骑兵营，共计六千多人马，可以说是保卫森严。而且在南京的情报人员也全部都活动起来，保证这一次进京的安全。同时商毅还派出二个分舰队，逆江而上，停驻在南京城边，以备不测的时候，从水路离开南京。总之商毅对这一次南京之行，也做好充份的准备，对各种后果都作了针对性的安排。
把各项工作都准备好之后，商毅才带着朱媺姣，启程出发，赶奔南京。而这时南京的各方势力也都在商量，积极的活动，怎样才能让朱媺娖指证的结果有利于自己，新一轮的政治斗争也即将展开。