顾炎武的案子当然是可以当做特案来办，但不能把顾炎武案当一个标准，因而在以后就放松了警惕，因此商毅首先向黄宗羲保证，自己一定会详查顾炎武案，同时又把成立参政院的计划告诉吴甡和黄宗羲，并请他们转告给史可法等人，希望他们能够考虑接受邀请。
其实顾炎武的案子并不复杂，就看性质怎么定了，因为现在所有的证据都只能说明顾炎武和南明之间曾经有关系，但不能说顾炎武和南明有勾结或是南明派来的奸细。毕竟现在和南明之间有一些关系的人，确实太多了，不可能全都抓起来。
在商毅给顾炎武案定性之后，其他的事情也就都可以迎刃而解了，因此整个案子的前因后虽也很快就都查清楚了，顾炎武并不是南明派来的奸细，而是由于叶方恒为了赖掉顾家抵押田产的剩余费用，支使家仆陆通诬告顾炎武。
在半个月之后结案，顾炎武也被得以无罪释放，但从广西回来，并未及时通知苏州政府备案，也有其不对之处，但己经入犾一个半月，也就不予追究；陆通以奴诬旧主，被判以入狱十年，发配流球去充做苦役；而叶方恒为了赖帐，支使家奴诬告好人，被罚入狱监押三个月，除将顾家的欠款立刻还清之外，另罚白银三千两。
从结果来看，陆通最冤，因为他是受叶方恒的指使干事，也是身不由己，但按大明例律，他的罪确实最重，因为他是家仆世奴的身份。家仆世奴和佃户差不多，也就是为了逃避税役，而投充到大缙绅地主家下挂名为奴仆，但本身还是自由农民，也可能会有自己的田地，不过需要对主家承担一定的义务。而且这个身份也可以在缙绅地主进行转让。
现在商毅还没有制定自己的法律，因此只能依大明例律判决，而结果也就是这样，要觉得冤也没办法。
同时商毅又下令各地，毎是曾在南眀政府任职、或有来往联络信等物，限期三个月，到当地政府上交备案，可以既往不咎，但如有隐藏不报，或拒不上交者，一经察出，必将严惩。