等到了正式的时辰之后，在天坛上也摆放好了三牲祭品，案蜡香炉，商毅沿着台阶登上了天坛，而文武官员们按照各自等级位次，站在天坛下面。虽然穿着又长又大的龙袍，行走颇为不便，但商毅还是十分顺利的登上天坛，首先焚香三柱，对天三叩首，将香插进香炉，随后又泼洒了三杯酒，以示对天地的恭敬。
再次叩拜天地之后，商毅才站起身来，面向台下的官员，开始高声并朗读祭文，表示自已是顺应天命，称帝建国。同时并接受了皇帝受命之宝、皇帝奉天之宝两块玉玺大印。然后在天坛接受了文武百官的三叩九拜，齐声高呼万岁，连同守卫天坛的士兵、待女也都齐声欢呼，声震云霄。整个祭天仪式也全部结束。
随后商毅才下了天坛，重新上辇，率领着文武官员们返回到南京城里，进行称帝仪式的第二阶段，这一阶段的事情都是在皇宫里进行。
进入皇城第一道大门原来是叫洪武门，这时也正式更名为中华门，进入皇城变后，其他的官员都在承天门外等候，由十余名主要的大臣陪同商毅进入承天门，而这时叶瑶瑱也己头戴凤冠，身穿凤袍，在端门内等候。
商毅更换了一套龙袍，由叶瑶瑱陪同，在社稷坛里拜祭各路神仙，又在太庙祭祖，正式将商氏先人的牌位供奉在祖庙里，并且建立商氏族谱，将商毅和叶瑶瑱的名字也填写在上面，这也像征商氏的宗庙正式成立。
拜神祭祖之后，商毅和叶瑶瑱由午门进入紫禁城，在太和殿上等候，而在承天门外的大臣们也都依次列队，进入皇宫，商毅在太和殿上居中正座，接受众官员们的参拜，众官员们向商毅行三拜九叩大礼，齐呼三声万岁。然后由王夫之当众朗读建国诏，以及国号、年号等等，这也表示中华帝国正式成立。
随后商毅又接受了皇帝之宝， 皇帝信宝，制诰之宝这三块玉玺，同时正式策封叶瑶瑱为皇后，叶瑶瑱向商毅拜谢之后，接受了皇后的宝、印、册，然后和商毅并肩而坐，接受众官员们的贺拜，并且对官员们进行封赏。整个称帝仪式的第二阶段也结束了。