当然也不是所有人都能理解商毅的行为，就有少数官员直接上疏商毅，对商毅的这一决定表示反对，认为如此礼遇，确实太过了，如果只是对一个从海外归来的船队就给以这样的礼遇，那么以后还有为帝囯建立奇功者，又当以何礼相待呢？
而在民间也同样有一些反对声音，有一部份学者甚致认为，航海行为纯属劳民伤财之举，与海外诸国交流来往，也不过是可有可无之事，海外诸国之事，与中国并无相干，并非国家发展的正途；致于海外经商贸易，更是微未小道，而治国大道在于恪守圣贤的教晦，推崇教化，以礼治国，这才是正途。而现在朝廷重小道而忽大义，实在是舍本求末，因小失大。
原来随着局势的安定，经济恢复，士大夫、读人也都逐渐开始活跃起来，中国的读人天生都有喜欢议论政治的习惯，而在帝国建立之后，许多制度与过去相比，都出现了很大的不同，许多地方更致与中国传统的观念相违，因此也引发了不少争论的地方。一些传统道徳的维护者对帝国的政策制度都有许多不满之处，当然他们不敢明目张胆的指责商毅，因此只能把矛头指向帝国的政府部门，这一次多少也是有些借题发挥。
商毅一向主张放宽言论禁止，不过放宽言论的负面效应就是各种理论观点都会出现，那怕是明知不对，错误的言论观点，也都必须容忍，不能以行政手段强行干涉，只能够让全社会来参与讨论，或者是用实际的结果来检验各种理论的对错。
因此对于这次关于访欧使团出现的争论话题，商毅也只说了一句话：让历史来评论。