在帝国建立之后，这两个情报机构也全部都保留了下來，因为国家本质上就是一个暴力系统，需要一些付责做见不得光的事的人，因此任何一个国家都需要有情报机构存在，还一点古今中外都是一样，不过现在国家安全部和情报局，全都归属于内阁管理。
但商毅也考虑到，在目前这个时候，也有必要建立一个直接对皇帝付责的情报机构，一则是保卫皇室的安全，打击某些密谋架空、推翻皇室的野心份子，也是确实可以帮助皇室监视各大臣的动静。另一方面，也是收集、分析内国外的各方面事务情报，为皇帝参与国家的决策提供参考意见。同时也可以和国家安全部、情报局进行互相配合，情报互换等等。
尽管中华帝国实行的是君主立宪制，但毕竟现在的大环境不同于后世，在相当长的一段时间里，皇帝都不可能像后世的那些皇室那样，完全脱离国家政治，当一个真正的安乐皇帝，而是会尽量参与囯家政治，参与内阁会议，在国会提交自己的提案，并且发表自已的政治主张，因此也需要一个专门为自己收集情报、信息的部门。
不过商毅并不打箅把皇室安全调查司弄成一个变向的锦衣卫或是东厂、西厂类似的组织。因此皇室安全调查司和锦衣卫或是东厂、西厂最大的不同就于，沒有逮捕权，更沒有监禁权。也不能领导、指挥国家安全部和情报局的工作，从这一点來说，皇室安全调查司更像是另一时空里后世的美国中央情报，主要职责就是为皇帝的国家决策提供依据参考，也就是相当于是皇帝的情报顾问，如果是掌握到足够的证据, 或需要抓捕的时候, 需要向司法部门提交或申请.
实际上帝国的三个情报机构都保持了相当程度的独立性，互相不受其他机构的约束。