有武弁凌辱韩人，公执，将戮之。吴公亲造公室，乞贷一死，坐久不去。公故以案上图书请吴公阅，潜出斩之，入而请罪。吴公大笑曰：执法固应若是。吴公戚属有在军者，吴公常戒以汝勿犯法，袁某不汝恕也。有营役入民家食鸦片者，公执而诛之。诸役纠五百余人，咸称有瘾罢工，请资遗内渡，将见公，公戒卫卒多备刀索，至则缚而诛之，诸役旋散去。吴公闻之谓公曰：果能尽杀之乎？公曰惟田横之徒能同死，乌可律诸役，示怯必来，示威必散，果来拟尽缚之，按名讯问，认瘾者立诛，不认者释之，不过戮一二人，余皆不必认矣。吴公叹服曰：真应变良材也。
从这几段叙述，可以看出袁治军的严厉，虽然过于张狂跋扈，可是对于散漫的清军却是应该的。
清军在朝鲜平乱后，吴长庆即奉命留驻朝鲜，成立驻守朝鲜的清军司令部。在这个司令部里，吴长庆是最高统帅。他有文武两大幕僚，武的就是袁世凯，这时袁的年纪不过24岁，可是吴长庆所有的军事事务莫不由袁做主，等于是今天的参谋长地位；文的事务则由南通状元张謇（季直）做主，等于今天的秘书长地位。
朝鲜壬午之乱后，朝鲜王李熙惩前毖后，立意维新。这时朝鲜的一切，全隶属于清朝北洋大臣，李熙获得北洋大臣李鸿章的同意，聘请德人穆麟德为总税务司，聘请清朝的中书马建常为外交顾问，同时拟请袁世凯为军事顾问，负责整军练兵。这时清军在韩并不驻扎在京城，而是扎营下都监，李熙乃亲自到清营拜访吴长庆，求借袁世凯。吴不答应，韩王再三恳求，最后吴长庆只答应袁替朝鲜兼练新军。自此袁世凯不仅是驻韩清军的参谋长，同时还负责朝鲜新军的编练工作。
袁接受了朝鲜国王李熙的要求后，于是按照清军的规格草订制度、编选壮丁，又鉴于王室地位的孱弱，所以先建立国王的亲卫军，其次则组织镇抚军，以加强政府的地位。李熙对于袁世凯的一切施为极感满意，他敦请袁移居朝鲜的三军府居住，以便就近指挥和督练韩军。
壬午之乱，李熙的宠妃闵氏逃匿族人闵应植家，当时大家都以为闵妃已死，宫内并为闵妃发丧，后来乱平后闵妃才出来，韩王亲往迎迓，并宣告全国废除以前的丧告。闵妃是个阴鸷弄权的女人，她美貌多才，李熙很怕她，也信任她。为了闵妃，李熙甘愿和自己的亲生父亲反目，也正因此才闹出壬午事变的大乱子，李熙父亲大院君被清军送至保定拘禁。可是李熙依然把一切大权都交付给闵妃，于是闵妃再度专政。
闵妃专政后，她的哥哥闵咏骏便担任首相，一切大权都落在闵妃兄弟手中。
清朝被迫在朝鲜抵抗日本的压迫时，同时也在越南抵抗法国人的进攻。朝鲜和越南都是中国的藩属，可是大清帝国逐渐无力维护它的宗主权了，越南的中法军队已兵戎相见了两三年。因此，当光绪十年（1884年），中国和法国在越南争斗已达巅峰时，清朝不得不做紧急的应变准备，集中能够作战的军队以及能够作战的老将，于是驻韩军统帅吴长庆便由朝鲜召回，用以担任防守辽东的重任，朝鲜的军务分别交给三个将领负责，由袁世凯接统“庆字营”，其余二将是提督吴兆有和总兵张光前。
在这期间，日本在朝鲜得寸进尺，拼命培植亲日武装力量，替朝鲜训练一部分新军，于是朝鲜便分为两大力量：一部分是原来亲日的闵妃和她家族，这时却和袁世凯极接近，变成了朝鲜内部的亲清派；一部分是“开化党”，以洪英植、朴泳孝等为首的亲日派；还有一小部分亲俄，以韩圭稷、李祖渊、赵定熙为首。
光绪十年（1884年）十月十五日洪英植、朴泳孝等发动政变，拟先将清军高级将领一网打尽，借朝鲜邮政总局落成典礼，假邮政局设筵宴请袁吴张三将，打算即席扑杀。吴张洞悉其情不欲前往，袁则裹甲怀械先一小时赴席，稍进酒馔即告辞，牵朴泳孝手至门前，从容返营，使这一个暗杀行动胎死腹中。十七日洪、朴等又设筵邀闵妃侄闵咏翊，英美德日各国公使，及中国商务委员道员陈树棠、税司穆麟德晚宴，日使不赴席，留日学生纵火并刀击闵咏翊，宾主哗散。闵咏翊避至穆麟德家中，袁世凯率兵二百前往弹压。到穆麟德门前，见到一个中国青年持枪守门，意气凛然，袁勒兵后退，两人互道姓名，才知这位青年是唐绍仪。唐字少川，广东中山县人，美国耶鲁大学毕业，由清廷派为税务帮办，这是袁唐订交之始，两人都惺惺相惜。袁入，见闵咏翊受伤颇重，具言是亲日的开化党所为，请袁速往救国王。
开化党既发动政变，洪英植等入宫胁王移居别宫，并请日兵入宫护卫。国王、闵妃等被禁闭于景祜宫，老臣闵台镐、赵宁夏、闵咏穆等悉遭杀害，亲日派大权在握。这时袁世凯主张勒兵勤王，吴兆有主张先请示北洋大臣，袁认为缓不济急，乃分兵进援。袁为中路，吴张分左右翼，从王宫敦化门入，日兵曾据王宫狙击，终被袁兵攻入。这时洪、朴等劫韩王逃北门关帝庙，袁遣茅延年迎王入清营。洪英植等再三阻止，吴张二将亦赶至，韩王遂被清军迎入下都监清国兵营。袁往谒，王泣诉洪、朴等逼其更衣赴日本，恰遇清军攻入王宫始获免，但仍为洪、朴等劫掠，若非清兵来救，真不知下落何方。一边说一边流泪，情辞哀切。日使知事已败露，乃自焚使馆，率兵出小西门前往仁川。亲日派断发变服，逃往日本。