教育部总长：蔡元培，次长：景耀月
实业部总长：张謇，次长：马君武
交通部总长：汤寿潜，次长：于右任
总统府秘书长：胡汉民
代表会对国务员名单亦小有修改，原来孙大总统是提名宋教仁长内政，章炳麟长教育，未获通过。
中华民国临时政府组成，名单公布，各部总长中仅陆军、外交、教育三部是同盟会会员，其余各部总长都是立宪派人士中同情革命者。不过次长几乎全是同志。政府虽告成立，实业部总长张謇、交通部总长汤寿潜均住上海，内务部总长程德全则卧病租界，财政部总长陈锦涛则在上海洽商借款，司法部总长伍廷芳更因在上海主持和议，不克返宁，所以这时的南京政府，实际负责的总长也只是三位革命党人，就是陆军部总长黄兴、外交部总长王宠惠、教育部总长蔡元培。其余五部部务均由次长代理。
临时政府经参议院通过后，孙大总统于1月5日举行各部委任礼，各部成立的日期则有参差。特列如下：
机关名称
成立日期
地点
陆军部
1月9日
督练公所
海军部
1月17日
水师学堂
外交部
1月11日
原设总统府内，3月2日迁鼓楼前狮子桥
司法部
1月12日
甲家巷
财政部
1月17日
旧藩署
内务部
1月17日
江南政务厅
教育部
1月19日
交涉署（碑亭巷外务司）
实业部
1月23日
劝业道署
交通部
1月23日
粮道署
法制局
1月15日
中协署（今肥侯府）
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