为病难速痊，呈请解职医治事。窃绍仪因病请假，赴津就医，荷蒙大总统允准在案。连日延医诊视，旧病转剧。回思去年迭遭家难，闭户养疴，乃已无志于宦途，自分沉埋而没世。嗣奉派充议和代表，痛时局之阽危，哀民生之荡析，不敢自逸，力疾驰驱。数月之间，寝食失常，忧劳过甚，精力愈惫，犹幸战祸已息，国事聿新，冀可葆素休神，从容调摄。讵意百废待举之余，忽受总揽政纲之命，自揣病躯，敢膺重寄，徒以南北初合，政府未成，勉竭愚庸，罔辞劳怨。视事以来，夜不成寐，日必发寒，竭蹶以从，未敢言疾。然而蒲柳之质，非可御疾风，驽骀之材，不足致千里，驰至今日，惧膏肓之渐入，捐顶踵而何裨？惟有恳请大总统俯鉴愚忱，准免国务总理本官，迅简贤能接任，以维大局，俾获乞灵药石，退处清闲，冀得痼疾之稍疗，长享共和之幸福。
袁批复：
……该总理于共和宣布以前，南北奔驰，为民国效劳备至。及就任总理，经营擘划，错节盘根，困苦艰难，非可言喻。民国举创，正赖长才，岂容听其退休，失其臂助。特以情词恳挚，出于至诚，不得不谅其苦衷，遂厥初志，应即准允请免国务总理本官，任为政府高级顾问……
同时袁为唐辞职事，向黎元洪及各省做一交代：
前据国务总理唐绍仪呈称，因病请假，赴津调治，当经本大总统给假五日，并任命外交总长陆徵祥暂行代理国务总理事务，一面派员络绎赴津，慰留再四，竟难转圜。兹据该总理呈称：连日延医诊视，旧病转剧，惧膏肓之渐入，捐顶踵而何裨？恳请准免国务总理本职，迅简贤能以维大局等语。该总理情词恳切，势难挽回，爱惜国家与爱惜人才之心，二者交战于中，难求两全之道。为唐君个人计，只可暂令养疴，以资将息。为国家全部计，总理一席万难久悬。自民国肇兴，百端待举，边方有骚动之情形，友邦无正式之承认，必须富有经验中外翕服之人始堪继唐君之任……
唐绍仪辞职后，属于同盟会的蔡元培（教育）、王宠惠（司法）、宋教仁（农林）、王正廷（工商）四阁员联袂请辞。袁在总统府召见他们，会面时，袁用低沉的语调，做出一副极诚挚的态度对蔡等说：“我代表四万万国民慰留你们。”蔡也很郑重地说：“我代表四万万国民，请总统准许我们辞职。”
蔡等离开总统府后，即分别提出辞呈。
教育总长蔡元培辞呈是：
元培迂愚无状，猥蒙任命，承乏国务院，两月于兹矣。以大总统之英明，唐总理之同志，谬谓追随其间，当能竭千虑之一得，以贡献于民国。不图理想与事实积不相容，受事以来，旅进旅退，毫不能有所裨益，始信国务重大，诚非迂愚如元培者，所能胜任……今值总理辞职，国务院当然解散。元培窃愿还我初服，自审所能，在社会一方面，尽国民一分子之责任，以赎二月来负职之罪……
司法总长王宠惠辞呈：
宠惠前奉任命为司法总长，自知学识褊浅，不足膺兹重任，只因时局艰难，政府急待成立，是以不辞滥竽之讥，勉力就任。视事五旬以来，时形竭蹶……用敢披沥愚忱，恳请辞职，以避贤路……
农林总长宋教仁辞呈：
……今者国务总理唐绍仪已辞职，国务院亦有改组之势，教仁窃幸得告退之机会，谨披沥下情，恳请准予解职。抑教仁更有不能已于言者，教仁少孤，长避地东瀛，历十余年，未尝一归觐也。迩来祖母、长兄相继去世，惟母氏抚媳课孙，撑持门户，近且七旬矣，思子情切，门闾倚遍，每手示促归，谓教仁知有国而不知有家，知有亲爱同胞，而不知有生身之母。教仁捧书涕泣，悔恨者久之，终于迫以旧政府禁忌，欲束装而不能，然当阴雨晦暝，长夜不寐，时一念及鞠育之恩，未尝不抚膺长叹，冀早毕吾事，而因得稍伸其孝养之诚。今共和告成，国基底定，正教仁退休故园，定省温情之日也。傥犹迟迟恋栈，上何以慰慈帏之望，下何以问人子之心，即向之海外羁迟，亦将无以自解，人孰无情，教仁独忍出此耶？伏维大总统鉴此愚忱，准解农林总长之职，俾得归省慈帏，遂乌私之养，作太平之民……
署理工商总长王正廷辞呈：
窃正廷以樗栎之材，辱承大总统委任工商次长……乃总长迟滞未至，而组织部务，委任部员又不遑暇待，大总统计出权宜，委署总长，正廷俯念时艰，大义所在，不敢谬持私见冒昧受职。数旬以来，夙夜兢兢，时虞陨越。今幸部务粗定，可以重申前请，以践初志。务乞大总统鉴其愚忱，准其开去署工商总长及次长之职，俾可从民国之后，改良社会，辅助盛明，实如全愿……
唐绍仪的辞职，导引了南北双方又启争执。唐绍仪至少是袁系中亲革命党的，他的辞职毫无问题是被迫，因此，南方对唐辞职便表露了极大的关心与同情。
工商总长陈其美因唐的去职曾电袁“有逼退总理”之句。袁乃复电：