民国16年3月23日革命军江右军第二纵队鲁涤平部占领江宁县后，进迫中山门、光华门；第三纵队贺耀祖部占领将军山、牛首山、幕府山，向通济门、武定门进击；第一纵队程潜部击破大小山、马石山、西善桥一带北洋军，向雨花台猛追。北洋军狼狈向城内回窜，革命军衔尾跟踪，自中华门冲入南京城。其余各纵队于是日晚亦分别进入城内，北洋军未再抵抗，纷纷逃散，一部由下关抢渡，窜回浦口，革命军遂完全占领南京城。何应钦于同日到达上塘镇后，其先头部队，亦已抵栖霞街、东流镇之线，得悉南京已被攻下，即令第六纵队，在汤水镇附近待命；第五纵队在无锡、江阴待命；自率第四纵队，于3月25日进驻南京。
孙传芳曾夸口说革命军越过湖北和江西，战线拉长后兵力分散，他以逸待劳，可以予革命军迎头痛击，想不到一败于江西，再败于福建，三败于浙江，四败于安徽，五败于江苏，他的五省联军完全不是革命军的敌手，比起吴佩孚来更是不堪一击。吴佩孚的部队在武昌还打了一场硬仗，孙传芳的军队则一败再败。
南京后来成为国民政府的首都。事实上南京是历史上的一个古城，三国时吴国建都于此，以后东晋和南朝的宋齐梁陈都建都于此，前后共六个朝代，五代时的南唐和明代太祖一朝也建都于此。民国元年曾以南京为临时政府所在地，后来因为袁世凯继任临时大总统，不愿离开他的北洋势力所在地，因此才勉强改北京为首都。国民革命军北伐克复南京后，即遵从孙中山遗志，定南京为中华民国首都。
16年4月18日国民政府为奠都南京告全体将士书：
国民政府此次接受中央政治会议决议，定都南京，目的在恢复党权政权，于三民主义之下，自由施行职权，以实现总理之遗训。总理在世之日，所焦心苦虑者，为如何而可建设自由独立之中华民国，更进而实现世界各民族之平等自由，国内各阶级之平等自由。因军阀专恣于内，帝国主义凌逼于外，甚且勾结一气，以摧遏三民主义之进行，乃不得不先定扫除一切建设障碍之大计，毅然以出师北伐为建国之先着。不幸出师未捷，赉志以终，遗训昭昭，以此重大责任，付诸手造之中国国民党，付诸平生所依重之蒋中正同志。总理既逝，本党秉承遗志，出师北伐，而以军事全权付托蒋中正同志。蒋同志忠贞勇敢，受命以来，转战七省，遂定江汉，四十年来，本党军事成绩之伟大，盖无过于今日者。虽然，苟无认识主义，效命党国之全体将士，则蒋同志亦一手一足之力耳，深切言之，此种伟大之成绩，实由于全体武装同志之一心一德，更深切言之，实为主义的成功，军纪的成功。武昌之役，南昌之役，以及肃清东南诸役，吾武装同志之为党国牺牲者，不知凡几，天上英魂，地下碧血，所望为生者之奋斗，最后之成功，故吾侪未死之余生，实负党国之重托，昔程婴生而公孙杵臼死，死者为其易，而生者为其难，国民革命之孤儿，今实保抱于武装生存之同志，故吾人对于武装之同志，既备具尊敬，而又切勉于将来也。
……
本党不忘打倒帝国主义，打倒军阀之使命，故北伐之猛进，继续不已，吾武装同志之一枪一弹，皆为摧毁敌人壁垒之利器，断不应为争攘权位而牺牲。总理所负托为何事？人民所属望为何事？凡此皆为武装同志所深明，无烦喋喋诰诫者。……中央政治会议为统一武装同志之政治训练计，为昭示三民主义之信条计，决议请吴稚晖同志为总政治部主任，以吴同志之学识人格，与蒋同志在军中，为国民革命军之铜墙铁壁，乃不可撼，庶收北伐之全功，而达到国民革命之使命。政府受本党厚托，对武装同志之艰难痛苦，日夕在怀，尤其在此内忧外患之时，益深同生共死之感，凡武装同志所希望于政府者，政府无不竭其所能，以资供应。苟不然者，愿立总理之前，领误党误国之罪。甚愿吾武装同志，亦各以至诚，为国努力，受吴、蒋两同志之指导，竟国民革命之全功焉。
第248章 吴佩孚挥泪离郑州
吴佩孚自从15年9月6日失汉阳，先退孝感，再退广水，三退信阳，吴本意拟自信阳调援反攻，无奈军心涣散，已无可靠之部属。身边战将只有田维勤担任信阳州以南的防务，至于靳云鹗则自汉口返豫，即入鸡公山，其不满意吴，已达极点。吴在北方虽然尚有可调之兵，可是没有车辆调配，只好徒步南下，因此自郑州以南迄信阳武胜关，各站都有驻兵，派别复杂，不一定完全听吴的指挥。这时河南全境有枪的兵不下三四十万，名义上归吴指挥的，超过10余万，兵心厌战，而军粮饷秣亦艰困万分。
靳云鹗驻军鸡公山，俨然以河南最高军事首长自居，他曾下令，凡通过他的防区的杂牌军队，一律予以缴械，他的亲信黄殿臣奉命执行。9月16日黄部遇上吴佩孚的卫队经过，也不分青红皂白予以缴械，吴佩孚闻讯大怒，勒令捕黄枪决。当晚信阳附近发生兵变，吴仓皇自信阳搭乘三等火车奔郑州。
9月27日息隐保定的曹锟，乘专车赴郑州，曹锟自冯玉祥倒戈遭受幽禁后，直至奉直联合赶走西北国民军始恢复自由，虽然他的把兄弟吴佩孚已东山再起，他则表示不愿过问政治，径返保定闲居。曹为人宽厚，甚得人缘，不似吴佩孚之强项，容易树敌，因此在吴走投无路之际，直系要员纷纷敦请曹锟出马团结直系。
由于孙传芳在吴军危急时不肯赴援，因此使人想到一段往事，认为孙传芳在报旧仇，那是湘军援鄂之役，鄂督王占元求救于吴，吴派萧耀南率先头部队驰援，萧军进驻武汉并不开赴前线，坐待王占元的失败，乘机把湖北纳入吴的范围，直系认为吴这一手吃了自己人，太不够意思。孙传芳当时是王占元的部下，亲眼看到这一幕，他虽然因为这一次战役而受知于吴佩孚，但王占元失败的一幕却深印心中。现在他坐视吴苦战而不救援，有人说是历史的重演。因为有这些原因，直系的旧人就想抬曹锟出来团结直系。
曹锟是和夏寿田、张廷谔来郑州的，下榻郑州中州饭店，抵郑当天就染上感冒。而吴佩孚仆仆军事，也抽不出时间来看曹。过了两天，吴才抽出空由张廷谔陪同赴中州饭店谒曹，曹正和夏寿田谈得很高兴，吴入室鞠躬为礼，并请问：“总统感冒好了没有？”曹不理亦不答。房中空气为之寂静，吴再问，曹徐徐而言：“外面风好大哟！”吴说：“今天天气好，外面没有风。”曹说：“外面没有风怎么把吴大帅吹来了。”吴一听知道是曹多心，乃低下头聆训，曹说：“你是大帅，我也做过大帅，我做大帅时有功都是你们的，如果不把功劳分给你们，你怎么会做到大帅。可是你今天有功都是自己的，不能容物，不能开诚对下，自大狂妄，造成今天上下离心离德。”曹越说越气，声色俱厉，吴低头不敢作答。夏寿田和张廷谔用其他话盖过，才把空气缓和，吴遂告辞。曹虽斥吴，可是仍努力团结直系，把靳云鹗找来，靳对曹表示不满吴，曹好言安慰，劝靳顾全大局。
孙传芳在南京坐待吴佩孚战败，他自以为得计，其实却让革命军逐一击败。当革命军出湖南直指武汉之际，倘孙军剑及履及，不东推西拖，与吴军合作，则对革命军来说，是增加了很大的麻烦。孙军按兵不动，直接搞垮了吴佩孚，间接也搞垮了自己，使北伐军坐收各个击破的战果。
孙军初与革命军接触时，略有进展，那时吴在郑州接获孙的战报，自夸对战局有把握，言外之意似在讥诮吴的不中用，今后的重头戏只轮到他一人独唱了。怎知时间一久，北伐军在江西捷报频传，孙自夸革命军的前进像绳子一样寸寸剪断，结果是自己做了绳子，让革命军寸寸剪断了。