而这位憋坏了的皇帝，亲政之后很快便组织了著名的“万历三大征”。
先后在明王朝西北、西南边疆和朝鲜展开的三次大规模军事行动，
分别为李如松平定蒙古人哱拜叛变的宁夏之役，
李如松、麻贵抗击日本丰臣秀吉政权入侵的朝鲜之役，
以及李化龙平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，巩固了汉家疆土。
后世有说明军虽均获胜，但军费消耗甚钜。
而三大征实际军费则由内帑和太仓库银足额拨发，三大征结束后，内帑和太仓库仍有存银。】
【但是朱翊钧的热情其实并没有持续了很久，万历十四年十一月，朱翊钧开始沉湎于酒色之中，身体虚弱，每况愈下。
因此，在朱翊钧执政中后期，几乎很少上朝。
他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。
“万历三大征”中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。
在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，就更不感兴趣了。
同年，礼部主事卢洪春奏曰：朱翊钧“日夜纵饮作乐”。
从同年起，为争立皇太子，演成了旷日持久的“国本之争”。】
【所谓“国本之争”，也就是到底要立谁为皇太子的问题，毕竟一直以来，“太子者，国之根本”。
当时有两派分别拥护王恭妃所生的皇长子朱常洛与郑贵妃所生的福王朱常洵争夺太子之位。
朝廷大臣按照明朝册立长子为太子的原则，大多拥戴皇长子朱常洛，
然而朱翊钧不喜欢王恭妃所生的皇长子，却加倍宠爱郑皇贵妃，
并且有意立其子皇三子朱常洵为太子，却受到大臣与慈圣皇太后极力反对。】