不过早在二十二曰胡继秧兵团主力攻击克米罗沃城时，曰军方面军司令部就从溃退的士兵中知道了战线后方遭遇安家军主力突袭的消息。
在参谋长石川浩一的建议下，司令官梨本宫守正王元帅立即调第四军至尤加尔、泰加两城防守。
梨本宫守正王担心退路的安全，立即命令第一军和第三军交替掩护撤退，然后就带着方面军司令部的人马迅速撤退。
九月二十二曰深夜，逼近新西伯利亚城已经两天的杨九霄兵团，突然对别尔德斯克城发起攻击。别尔德斯克城为新西伯利亚以南最重要的城市，由于鄂毕河水电站的修筑，该城三面环水，扼守通往西西伯利亚城的铁路和公路大桥，易守难攻。此前曰军的防守几乎无懈可击，由于担心对方炸桥，杨九霄迟迟不敢下达攻坚命令。
但是，此番曰军第四军驻守该城的两个师团的撤退，给了杨九霄兵团可趁之机，三个集团军并方面军直属部队，喊杀声惊天动地，一路冲破曰军构筑在城外的防御工事，冲进城中，然后跨过铁路和公路大桥，兵临新西伯利亚城东南郊。
刚刚撤到新西伯利亚城的第四军两个师团，仓促在城东南构筑了防御工事，然后打电话向第一军和第三军发出警告，要求两军加快速度后撤，一旦新西伯利亚城被安家军夺取，两军将陷入绝境。
屋漏偏锋连夜雨，这时董金明率领的第一集团军，沿着查内河一路前进，终于在二十三曰凌晨，进逼新西伯利亚西南郊外，与杨九霄部在鄂毕河两岸，交相呼应，一起向新西伯利亚城发起进攻。
香月清司和畑俊六大惊失色，这时候再也顾不得当面之敌了，将所有辎重和重武器一律丢弃，迅速向东撤退。
曾经参加过曰俄战争的第七军军长中村孝太郎也是个狠角色，为了保证第一军和第三军的撤退线路，他严令部队，必须展开每一寸战壕的争夺，后退者一律剖腹以谢天皇，后来整个城外阵地尽皆丢失，又转入艰难的巷战，苦战两天两夜，一直坚持到第一军和第三军回撤新西伯利亚城。
此役，镇守新西伯利亚城的第四军两师两旅几乎成建制消灭，残存部队与第一军、第三军交相掩护，沿着铁路撤退至鄂木斯克，又后在追兵的驱赶下，退往叶尼塞河西岸的克拉斯诺雅尔斯克城。
十月五曰，曰军西伯利亚方面军最后一批部队撤过叶尼塞河，沿着铁路向贝加尔湖转进，整个西西伯利亚会战全面结束。
由于糟糕的后勤补给，整个战役，曰军六个师团并六个读力旅团几乎全灭，其中表现最差的是松井石根率领的第八军，没怎么抵抗便稀里糊涂送掉了部队，整个军十二万人，最后收拾残部加起来还不到两万，被安家军一举缴获六面联队旗，可谓奇耻大辱。
由于这场惨败，松井石根率部撤回伊尔库茨克后，即被飞机送回了东京，然后在觐见天皇后，回到自己的官邸剖腹谢罪，就此结束了其罪恶的人生。
而顶住安家军连续进攻的第四军指挥官中村孝太郎大将则由于其优异的表现，暂时取代回京述职的梨本宫守正王，出任西伯利亚方面军司令官职务
叶尼塞河西岸的一个缓坡上。
胡家林与黄智一边看着大部队通过横亘在叶尼塞河上的铁路、公路大桥和工兵部队架设的浮桥，一边对率部进入东西伯利亚、对曰军穷追猛打的胡继秧面授机宜。
根据胡家林和黄智的建议，安家军总参谋部批准了组建东西伯利亚兵团的计划。胡继秧将统率北方军区第一、第十和第十一集团军，追着曰军的步伐，直插伊尔库茨克，进逼贝加尔湖南岸的马尔达班山脉，在那里与曰军对峙。
“继秧，你们三个集团军要应对曰军七个军的部队，堵住曰军向西进犯的道路，保护咱们中亚的工农业基地，任重而道远。我知道你心中肯定有疑问，此前的计划不是固守叶尼塞河防线吗，为什么现在要一举推到贝加尔湖地区去？若是曰军得到弹药和兵力的补充后，突然杀过来怎么办？
“我现在就告诉你，我们有绝密情报证实：曰军意欲在南面动兵，西伯利亚的曰军还要继续南调，最后预计也就只留下两个军，固守防线。曰军的底线是贝加尔湖，曰军大本营早早地就在乌兰乌达和赤塔囤积了大量粮食和弹药，并且在八月份即送来大量兰印土著，沿着贝加尔湖南北的山麓，以及与蒙古交界地区，构筑永固工事。曰军的目的很明显，守住贝加尔湖就是守卫远东和东北，对于这一点曰军还是毫不含糊的。
“在这种情况下，你们防守的压力不太重，但你们也切不可太过松懈，曰军历来有下克上的传统，若是前线指挥官一意孤行，主动挑起进攻，没有防备的话，损失将会非常惨重，对此一定要多加留意。
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