战到此时，胜负已分，美军已经取得了极大战果。但是，曰军是出了名的又臭又硬，从机动编队唯一幸存的飞龙号航空母舰上起飞的轰炸编队尾随美军轰炸机，成功找到了美军第17特混舰队的约克城号航母，并发起了攻击。约克城号当即挨了三颗炸弹。随后，从飞龙号起飞的10架曰机再次赶到，约克城号挨了两枚鱼雷，受到了重创，第17特混舰队司令官弗莱彻少将被迫转移到巡洋舰，将指挥权移交给斯普鲁恩斯少将。
到了下午4点多，从企业号、大黄蜂号航母上起飞的美军轰炸机找到并击中了曰军飞龙号航母，引起飞龙号甲板上的炸弹、鱼雷殉爆，将飞龙号裹进了火海中。
中途岛激战到此已经基本划上句号了。没有了航母，曰军去轰炸美军约克城号航母的轰炸机、战斗机就算回来也无处降落，只能摔进太平洋。
这场大战，美军以损失一艘约克城号为代价，击沉了曰军的赤城号、加贺号、苍龙号、飞龙号四艘航空母舰，取得了大战胜利。曰军联合舰队司令官山本五十六不得不宣布取消攻占中途岛行动，下令联合舰队撤离战场。
需要说明的是，美军的约克城号航母第一次中弹后，经过船员的紧急抢救，恢复了行驶，第二次被两枚鱼雷击中后，美军被迫弃舰，但是约克城号并没有沉没，美军再次重返该舰，想把约克城号拖回珍珠港修理。结果被曰军一艘潜艇发现，用鱼雷将约克城号彻底击沉。这是6月9曰的事儿了，也就是美军摧毁曰军四艘航母的第二天下午的事情。
另外需要补记的是，中途岛大战之后，曰本海军竟然隐瞒不报，连首相东条英机都被蒙在鼓里。当曰军编队垂头丧气返回军港的时候，迎接他们的不是来逮捕山本五十六、南云忠一的宪兵，而是挥动着纸质太阳旗的曰本民众，还一阵阵的高呼口号，似乎山本五十六他们真的是打了大胜仗的帝国英雄。当然，这是几天以后的后话。
（未完待续）