与此同时，孙连仲为了弥补中国人在当地语言、习俗和地形方面的先天不足，大量招募亲华的菲律宾人，充当供之驱使的耳目。
到１９４１年２月，他已拥有６０００名菲律宾侦察兵和１０００名执行准军事任务的菲律宾警察。
在他亲手主持下，陆军成立了一个军事情报处，以增进对游击队活动方式的了解并及时传递情报数据。他还请求海军加强巡逻，千方百计地切断起义军在岛屿之间的通信联络和海外武器输入的途径。
２月中旬时候，孙连仲终于探到阿比塔那的行踪，立即派一名少校率领６００名士兵前往追捕，并责令他务必一网打尽，斩革除根。
得到情报，阿比塔那只好率总部人员匆匆转移。危急关头，他把掩护的重任交给了素所信赖的甘特拉少校。
战斗在腊子口打响。甘特拉率领６０名战士，死死地顶住了进攻，终于为总部的安全转移争取了时间。最后，菲军６０名战士全部被击毙，甘特拉亦在重伤后自杀
国际社会也在抗议谴责中[***]队在菲律宾的一切，但现在中国政斧已经不必再顾忌什么了。
中国人已经向英国宣战，向法国宣战，向美国宣战，他们的抗议有谁会去理会呢？
所谓的抗议只是弱者的手段而已，无疑是隔靴挠痒，丝毫动摇不了中国人的信心和主张。任何阻止对菲战争的指望均化为乌有。
孙连仲看准了这一时机，立即开始实施更为强硬的政策。
在一次次残酷的围剿之后，暴动者的活动空间越来越狭小，处境也越来越困难。
阿比塔那率领他的指挥部东躲藏省，饥寒交迫，几无藏身之所，曰有姓命之忧。１９４１年３月，孙连仲手下的一名连长在几个菲律宾协助者的配合下，突施奇兵，里应外合，终于抓获了阿比塔那。
一个月后，心力交瘁的阿比塔那在孙连仲的百般威胁利诱下，被迫发表了一份声明，表示接受中国的统治并号召他的爱国同胞结束抵抗。
此举，标志着菲律宾人的有组织的抵抗结束了
但是，各地菲律宾游击队并没有立刻放下武器。尤其是活动在八打雁省的马尔达尔的部队和另一支出没于萨马的卢克班的部队，仍然高擎义旗，坚持抵抗，不时地给占领军以沉重打击。愤怒的孙连仲决定不惜一切手段，尽快剿除这两支起义军。
一场罕见的大屠杀开始了
至于大屠杀究竟是什么形式的？没有人知道，但是有关大屠杀的几份报告却放到了中华民国大总统王恒岳的面前。
在这些报告里说道：
受命扫荡萨马岛的孙立人将军曾经面色冷酷的要求他的部下：“我希望你们去杀、去烧，你杀的人越多我就越满意。我想把所有能够佩带武器、敌视中国的人统统杀死！”
没过多久，岛上所有的成年男女被杀戮殆尽，所有的农舍、庄稼均化为灰烬。
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